La DDASS, en réponse à la directive européenne 76/160/CEE du 8 décembre 1975 transposée en droit français par le décret du 7 avril 1981 (modifié par le décret du 20 septembre 1991), prend en charge deux campagnes mensuelles d’analyse de la qualité des eaux de baignade pendant la saison estivale du 1er juin au 30 septembre.

Cependant, les résultats de ces analyses parviennent aux communes 48 à 72 heures après le prélèvement, ce qui entraîne un déphasage préjudiciable à l’efficacité des actions engagées vis-à-vis des éventuelles pollutions bactériologiques décelées (fermeture et réouverture des plages), puisque trop tardives au vu des vitesses de résorption des polluants.

Il semble aujourd’hui important pour les élus des communes littorales de pouvoir bénéficier de méthodes d’analyses plus réactives que les méthodes traditionnelles.
Or, il existe sur le marché des réactifs normalisés «Collilert et Enterolert» qui permettent selon un protocole simplifié de constater une non pollution en 18 heures et une pollution bactériologique dans des délais inférieurs inversement proportionnels à la concentration en bactérie.

C’est pourquoi, l’Observatoire Marin a été pressenti pour mettre en place dès la saison 2004 une cellule d’analyse des eaux de baignade qui permettra aux communes du syndicat et aux communes extérieures qui le désirent, de connaître la qualité de leurs eaux de baignade dans des délais réduits, plusieurs fois par semaine, ainsi qu’à la suite à des épisodes orageux.

Deux catégories d'indicateurs sont utilisés pour mesurer la qualité des eaux de baignade, dans le cas de la méthode Colilert.

Les paramètres microbiologiques sont des germes témoins de contamination fécale qui ne sont pas dangereux en eux mêmes, mais dont la présence peut s'accompagner de celle de germes pathogènes. Le risque sanitaire augmente avec le niveau de contamination de l'eau par ces indicateurs de pollution. Trois germes sont recherchés en routine, et permettent le classement des eaux de baignade :

• Les coliformes fécaux ou Escherichia coli,
• Les streptocoques fécaux ou entérocoques intestinaux.

Valeur guide : valeur limite de bonne qualité.
Valeur impérative : limite à ne pas dépasser.

Les paramètres physico-chimiques : ils font l'objet d'une mesure ou d'une évaluation visuelle ou olfactive sur le terrain.
Les trois premiers participent au calcul du classement des eaux de baignade :

• Les mousses,
• Les phénols,
• Les huiles minérales,
• La couleur,
• Les résidus goudronneux et les matières flottantes,
• La transparence.